MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR580

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015699	TTA	2	6	158	163	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015699	ATA	2	6	207	212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015699	TCA	3	9	236	244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015699	TAT	2	6	324	329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015699	TTA	2	6	395	400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015699	TTC	2	6	425	430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015699	ATT	2	6	553	558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015699	AAC	2	6	578	583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015699	CTT	2	6	673	678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015699	AAT	2	6	729	734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015699	CCGG	2	8	891	898	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015699	ACCATT	2	12	922	933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015699	CAG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015699	TAC	2	6	984	989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015699	CAA	2	6	990	995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015699	ACT	2	6	1060	1065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015699	TTG	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015699	CCG	2	6	1200	1205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_015699	ACA	2	6	1247	1252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015699	TAA	2	6	1369	1374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015699	ATTG	2	8	1378	1385	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015699	AT	3	6	1427	1432	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015699	TTTAAT	2	12	1468	1479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015699	TCCC	2	8	1495	1502	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_015699	TTA	2	6	1537	1542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015699	CTA	2	6	1590	1595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015699	TA	3	6	1594	1599	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015699	ATA	3	9	1597	1605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015699	TAA	2	6	1616	1621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015699	CACC	2	8	1633	1640	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_015699	TAA	2	6	1687	1692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015699	AGTTGA	2	12	1717	1728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015699	T	7	7	1751	1757	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015699	ATC	2	6	1768	1773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015699	CT	3	6	1870	1875	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015699	TAAAA	2	10	1908	1917	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015699	AAT	2	6	1918	1923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015699	ACT	2	6	1977	1982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202353
39	NC_015699	CCGT	2	8	1983	1990	0 %	25 %	25 %	50 %	338202353
40	NC_015699	GC	3	6	1992	1997	0 %	0 %	50 %	50 %	338202353
41	NC_015699	GTT	2	6	2022	2027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202353
42	NC_015699	CTT	3	9	2119	2127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202353
43	NC_015699	GTC	2	6	2215	2220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202353
44	NC_015699	CCA	2	6	2295	2300	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202353
45	NC_015699	CTG	2	6	2311	2316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202353
46	NC_015699	CAG	2	6	2320	2325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202353
47	NC_015699	TGG	2	6	2361	2366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202353
48	NC_015699	CAA	2	6	2473	2478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202353
49	NC_015699	TCC	2	6	2483	2488	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_015699	CCTG	2	8	2489	2496	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015699	ATA	2	6	2526	2531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015699	TAAAA	2	10	2546	2555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015699	ATA	2	6	2650	2655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015699	A	6	6	2687	2692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015699	GGAG	2	8	2756	2763	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015699	CT	3	6	2771	2776	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015699	CCTC	2	8	2786	2793	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
58	NC_015699	CTGA	2	8	2808	2815	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_015699	ATT	2	6	2850	2855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015699	A	7	7	2928	2934	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015699	TTTTA	2	10	2958	2967	20 %	80 %	0 %	0 %	338202354
62	NC_015699	A	6	6	2993	2998	100 %	0 %	0 %	0 %	338202354
63	NC_015699	TAA	2	6	3013	3018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
64	NC_015699	AAT	2	6	3039	3044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
65	NC_015699	TTC	2	6	3056	3061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202354
66	NC_015699	AACT	2	8	3076	3083	50 %	25 %	0 %	25 %	338202354
67	NC_015699	CAT	2	6	3111	3116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
68	NC_015699	AAT	2	6	3132	3137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
69	NC_015699	AAT	2	6	3153	3158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
70	NC_015699	CCA	2	6	3267	3272	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202354
71	NC_015699	TTC	2	6	3341	3346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202354
72	NC_015699	TCA	2	6	3389	3394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
73	NC_015699	ATC	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
74	NC_015699	TCA	3	9	3491	3499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
75	NC_015699	ATT	2	6	3521	3526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202354
76	NC_015699	TCC	2	6	3532	3537	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_015699	TGGT	2	8	3592	3599	0 %	50 %	50 %	0 %	338202355
78	NC_015699	GTTG	2	8	3606	3613	0 %	50 %	50 %	0 %	338202355
79	NC_015699	CAAGT	2	10	3656	3665	40 %	20 %	20 %	20 %	338202355
80	NC_015699	GTT	2	6	3830	3835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202355
81	NC_015699	GTTTTG	2	12	3847	3858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202355
82	NC_015699	CAT	2	6	3898	3903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202355
83	NC_015699	GTT	2	6	3914	3919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202355
84	NC_015699	GTTTTT	2	12	4026	4037	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	338202355
85	NC_015699	TTGGTC	2	12	4129	4140	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	338202356
86	NC_015699	TGG	2	6	4196	4201	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202356
87	NC_015699	TGT	2	6	4217	4222	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
88	NC_015699	TTG	2	6	4300	4305	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
89	NC_015699	TGT	2	6	4349	4354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
90	NC_015699	TC	4	8	4365	4372	0 %	50 %	0 %	50 %	338202356
91	NC_015699	CTT	2	6	4389	4394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202356
92	NC_015699	TTCA	2	8	4399	4406	25 %	50 %	0 %	25 %	338202356
93	NC_015699	TAA	2	6	4413	4418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202356
94	NC_015699	CTT	3	9	4531	4539	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202356
95	NC_015699	GTTG	2	8	4760	4767	0 %	50 %	50 %	0 %	338202356
96	NC_015699	TGT	2	6	4833	4838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
97	NC_015699	ACC	2	6	4888	4893	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202356
98	NC_015699	CA	3	6	4970	4975	50 %	0 %	0 %	50 %	338202356
99	NC_015699	TTGT	2	8	4984	4991	0 %	75 %	25 %	0 %	338202356
100	NC_015699	CAC	2	6	4998	5003	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202356
101	NC_015699	ATCGA	2	10	5068	5077	40 %	20 %	20 %	20 %	338202356
102	NC_015699	CTTCAA	2	12	5085	5096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
103	NC_015699	ATC	2	6	5134	5139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
104	NC_015699	CAT	2	6	5166	5171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
105	NC_015699	CTT	2	6	5314	5319	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202356
106	NC_015699	ACC	2	6	5375	5380	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202356
107	NC_015699	ATC	2	6	5402	5407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
108	NC_015699	AAT	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202356
109	NC_015699	TGT	2	6	5475	5480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
110	NC_015699	TGT	2	6	5483	5488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
111	NC_015699	GAAT	2	8	5492	5499	50 %	25 %	25 %	0 %	338202356
112	NC_015699	CT	3	6	5510	5515	0 %	50 %	0 %	50 %	338202356
113	NC_015699	GAAC	2	8	5527	5534	50 %	0 %	25 %	25 %	338202356
114	NC_015699	A	6	6	5569	5574	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015699	TCAC	2	8	5575	5582	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015699	TAA	2	6	5593	5598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015699	AAG	2	6	5605	5610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015699	TTA	2	6	5852	5857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015699	T	7	7	5872	5878	0 %	100 %	0 %	0 %	338202357
120	NC_015699	AAAG	2	8	5980	5987	75 %	0 %	25 %	0 %	338202357
121	NC_015699	TAT	2	6	6023	6028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202357
122	NC_015699	AAT	2	6	6036	6041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202357
123	NC_015699	TAAA	2	8	6048	6055	75 %	25 %	0 %	0 %	338202357
124	NC_015699	CGG	2	6	6089	6094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202357
125	NC_015699	AAG	2	6	6099	6104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202357
126	NC_015699	TCT	2	6	6113	6118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202357
127	NC_015699	ATT	2	6	6130	6135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202357
128	NC_015699	GGTT	2	8	6311	6318	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015699	ATG	2	6	6370	6375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015699	CAT	2	6	6389	6394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015699	AATT	2	8	6429	6436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015699	TCA	2	6	6446	6451	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015699	TCA	3	9	6455	6463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015699	CAT	2	6	6471	6476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_015699	GAT	2	6	6483	6488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015699	ATT	2	6	6499	6504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015699	GAT	2	6	6572	6577	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015699	TTG	2	6	6593	6598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015699	AAG	2	6	6672	6677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015699	TCAA	2	8	6728	6735	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_015699	CAT	3	9	6777	6785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_015699	CTT	2	6	6787	6792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_015699	CCA	2	6	6801	6806	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_015699	TCA	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015699	CAT	2	6	6840	6845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_015699	TGG	2	6	6881	6886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015699	GTT	2	6	6941	6946	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015699	GTA	2	6	6953	6958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015699	TCT	2	6	6983	6988	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.